NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL11534 Query DataSets for GPL11534
Status Public on Jan 18, 2011
Title [RaGene-1_1-st] Affymetrix Rat Gene 1.1 ST Array [transcript (gene) version]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution commercial
Organism Rattus norvegicus
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol see manufacturer's web site
 
Description Affymetrix submissions are typically submitted to GEO using the GEOarchive method described at http://0-www-ncbi-nlm-nih-gov.brum.beds.ac.uk/projects/geo/info/geo_affy.html

RaGene-1_1-st-v1.na31.rn4.transcript.csv
#%create_date=Fri Sep 17 11:36:51 2010 PDT
#%chip_type=RaGene-1_1-st-v1
#%lib_set_name=RaGene-1_1-st
#%lib_set_version=v1
#%genome-species=Rattus norvegicus
#%genome-version=rn4
#%genome-version-ucsc=rn4
#%genome-version-ncbi=Rnor3.4
#%genome-version-create_date=2004-11-00
#%genome-lifted_from-species=Rattus norvegicus
#%genome-lifted_from-version-ucsc=rn4
#%genome-lifted_from-version-ncbi=Rnor3.4
#%netaffx-annotation-date=2009-11-23
#%netaffx-annotation-netaffx-build=31

 
Web link http://www.affymetrix.com/estore/browse/products.jsp?productId=131556&categoryId=35846&productName=Rat-Gene-1.1-ST-Array-Plate#1_1
http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx
Submission date Jan 18, 2011
Last update date Mar 14, 2017
Organization Affymetrix, Inc.
E-mail(s) geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affymetrix.com
Phone 888-362-2447
URL http://www.affymetrix.com/index.affx
Street address
City Santa Clara
State/province CA
ZIP/Postal code 95051
Country USA
 
Samples (554) GSM878360, GSM878361, GSM878362, GSM878363, GSM878364, GSM878365 
Series (25)
GSE35976 Genome wide array analysis of endosseous implant adherent cellular phenotypes
GSE40170 Flow dependent gene expression in the rat aorta under physiological conditions
GSE45953 PHF6 knockdown in rat cortical neurons
Relations
Alternative to GPL22130 (ragene11st_Rn_ENTREZG_17.1.0)
Alternative to GPL23181 (ragene11st_Rn_ENTREZG_19.0.0)

Data table header descriptions
ID transcript_cluster_id
GB_LIST GenBank and RefSeq Accessions from mrna_assignment column
SPOT_ID genomic location of the transcript cluster in the version of the genome assembly used at annotation time. Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
seqname chromosome number
RANGE_GB NCBI RefSeq for chromosome of current build
RANGE_STRAND strand (+|-)
RANGE_START start (integer). Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
RANGE_STOP stop (integer). Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
total_probes Total number of probes contained by this transcript cluster.
gene_assignment Gene information for each assigned mRNA for mRNAs that corresponds to known genes (multipart).
mrna_assignment Description of the public mRNAs that should be detected by the sets within this transcript cluster based on sequence alignment (multipart).
category Array design category of the transcript cluster

Data table
ID GB_LIST SPOT_ID seqname RANGE_GB RANGE_STRAND RANGE_START RANGE_STOP total_probes gene_assignment mrna_assignment category
10701620 NM_001099460, NM_001099461, XM_001070788 chr1:5473-17577 chr1 NC_005100.2 + 5473 17577 53 NM_001099460 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046586 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000043841 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// XM_001070788 // LOC689435 // similar to vomeronasal 2, receptor, 1 // 14p22 // 689435 NM_001099460 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 3 (Vom2r3), mRNA. // chr1 // 67 // 68 // 24 // 36 // 0 /// NM_001099461 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 1 (Vom2r1), mRNA. // chr1 // 69 // 68 // 25 // 36 // 0 /// ENSRNOT00000041455 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 1 gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 69 // 68 // 25 // 36 // 0 /// ENSRNOT00000046586 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 69 // 68 // 25 // 36 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 67 // 68 // 24 // 36 // 0 /// ENSRNOT00000043841 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 67 // 68 // 24 // 36 // 0 /// ENSRNOT00000044270 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5473:16844:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 96 // 51 // 51 // 0 /// ENSRNOT00000049921 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5526:16968:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 96 // 51 // 51 // 0 /// ENSRNOT00000042693 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8316:17577:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 92 // 49 // 49 // 0 /// ENSRNOT00000044505 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8268:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 91 // 48 // 48 // 0 /// ENSRNOT00000044187 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8884:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 85 // 45 // 45 // 0 /// ENSRNOT00000051735 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5526:16968:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 81 // 43 // 43 // 0 /// ENSRNOT00000050254 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:9055:17351:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 79 // 42 // 42 // 0 /// ENSRNOT00000048404 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:9076:16732:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 74 // 39 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000034630 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5598:13520:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 32 // 17 // 17 // 0 /// ENSRNOT00000043839 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:114953:115930:1 gene:ENSRNOG00000029999 // chr1 // 100 // 21 // 11 // 11 // 0 /// ENSRNOT00000041082 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8956:9955:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 21 // 11 // 11 // 0 /// XM_001070788 // RefSeq // PREDICTED: Rattus norvegicus similar to vomeronasal 2, receptor, 1, transcript variant 1 (LOC689435), mRNA. // chr1 // 82 // 92 // 40 // 49 // 0 /// GENSCAN00000032209 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:5588:115834:1 // chr1 // 100 // 85 // 45 // 45 // 0 /// GENSCAN00000032212 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:951104:969015:-1 // chr1 // 73 // 28 // 11 // 15 // 0 /// GENSCAN00000032210 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:654460:765914:1 // chr1 // 100 // 8 // 4 // 4 // 0 main
10701630 chr1:114953-115930 chr1 NC_005100.2 + 114953 115930 12 --- ENSRNOT00000043839 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:114953:115930:1 gene:ENSRNOG00000029999 // chr1 // 100 // 100 // 12 // 12 // 0 main
10701632 chr1:311443-320731 chr1 NC_005100.2 + 311443 320731 10 --- ENSRNOT00000043877 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:311443:320141:1 gene:ENSRNOG00000005949 // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000044669 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:311443:320222:1 gene:ENSRNOG00000005949 // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 main
10701636 chr1:673834-767173 chr1 NC_005100.2 + 673834 767173 11 ENSRNOT00000051591 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 ENSRNOT00000051591 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 100 // 45 // 5 // 5 // 0 /// ENSRNOT00000051321 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:678964:680435:1 gene:ENSRNOG00000042157 // chr1 // 100 // 36 // 4 // 4 // 0 main
10701643 NM_001099460 chr1:1015946-1022510 chr1 NC_005100.2 + 1015946 1022510 10 NM_001099460 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000043841 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 NM_001099460 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 3 (Vom2r3), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000043841 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// GENSCAN00000017563 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1004860:1058648:1 // chr1 // 100 // 50 // 5 // 5 // 0 main
10701648 NM_001099462 chr1:1234983-1244166 chr1 NC_005100.2 + 1234983 1244166 16 NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 /// ENSRNOT00000041332 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 NM_001099462 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 5 (Vom2r5), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 16 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000041332 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 5 gene:ENSRNOG00000032365 // chr1 // 100 // 100 // 16 // 16 // 0 main
10701654 NM_001099459 chr1:1287065-1295777 chr1 NC_005100.2 + 1287065 1295777 25 NM_001099459 // Vom2r6 // vomeronasal 2 receptor, 6 // 1p13 // 308257 /// ENSRNOT00000045627 // Vom2r6 // vomeronasal 2 receptor, 6 // 1p13 // 308257 NM_001099459 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 6 (Vom2r6), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 /// ENSRNOT00000045627 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 6 gene:ENSRNOG00000031001 // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 main
10701663 AY389467 chr1:1306646-1307637 chr1 NC_005100.2 + 1306646 1307637 9 AY389467 // LOC292449 // similar to hypothetical protein // 1p13 // 292449 AY389467 // GenBank // Rattus norvegicus unknown mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 9 // 9 // 0 main
10701666 chr1:1418266-1418387 chr1 NC_005100.2 + 1418266 1418387 16 --- ENSRNOT00000052842 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1418266:1418387:1 gene:ENSRNOG00000034719 // chr1 // 100 // 100 // 16 // 16 // 0 main
10701668 NM_001099460, NM_001099461, NM_001099459 chr1:1498164-1500699 chr1 NC_005100.2 + 1498164 1500699 25 NM_001099460 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046586 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000051591 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000043841 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000043841 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 NM_001099460 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 3 (Vom2r3), mRNA. // chr1 // 50 // 64 // 8 // 16 // 0 /// NM_001099461 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 1 (Vom2r1), mRNA. // chr1 // 100 // 64 // 16 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000041455 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 1 gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 100 // 64 // 16 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000046586 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 100 // 64 // 16 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000051591 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 56 // 64 // 9 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 50 // 64 // 8 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000043841 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 50 // 64 // 8 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000050328 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1498164:1500699:1 gene:ENSRNOG00000034286 // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 /// ENSRNOT00000062058 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1636159:1642167:1 gene:ENSRNOG00000033826 // chr1 // 100 // 36 // 9 // 9 // 0 /// GENSCAN00000017565 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1460550:1504266:1 // chr1 // 100 // 68 // 17 // 17 // 0 /// GENSCAN00000032208 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:245888:262758:-1 // chr1 // 100 // 52 // 13 // 13 // 0 /// GENSCAN00000032209 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:5588:115834:1 // chr1 // 56 // 64 // 9 // 16 // 0 /// GENSCAN00000017561 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1635460:1641473:1 // chr1 // 100 // 16 // 4 // 4 // 0 /// NM_001099459 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 6 (Vom2r6), mRNA. // chr1 // 31 // 64 // 5 // 16 // 1 /// ENSRNOT00000045627 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 6 gene:ENSRNOG00000031001 // chr1 // 31 // 64 // 5 // 16 // 1 /// ENSRNOT00000044270 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5473:16844:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 24 // 100 // 6 // 25 // 1 /// ENSRNOT00000042693 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8316:17577:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 24 // 100 // 6 // 25 // 1 /// ENSRNOT00000044187 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8884:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 24 // 100 // 6 // 25 // 1 /// ENSRNOT00000050254 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:9055:17351:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 24 // 100 // 6 // 25 // 1 /// GENSCAN00000017571 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1176023:1181269:-1 // chr1 // 25 // 64 // 4 // 16 // 1 main
10701671 NM_001099460, NM_001099461, NM_001099458 chr1:1503580-1505189 chr1 NC_005100.2 + 1503580 1505189 33 NM_001099460 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000043841 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000046586 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 NM_001099460 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 3 (Vom2r3), mRNA. // chr1 // 69 // 79 // 18 // 26 // 0 /// NM_001099461 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 1 (Vom2r1), mRNA. // chr1 // 41 // 88 // 12 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 69 // 79 // 18 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000043841 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 69 // 79 // 18 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000046586 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 46 // 79 // 12 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000041455 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 1 gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 41 // 88 // 12 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000002766 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1503580:1505189:1 gene:ENSRNOG00000023682 // chr1 // 100 // 91 // 30 // 30 // 0 /// ENSRNOT00000062058 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1636159:1642167:1 gene:ENSRNOG00000033826 // chr1 // 100 // 79 // 26 // 26 // 0 /// GENSCAN00000017565 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1460550:1504266:1 // chr1 // 100 // 61 // 20 // 20 // 0 /// GENSCAN00000017561 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1635460:1641473:1 // chr1 // 100 // 61 // 20 // 20 // 0 /// GENSCAN00000032208 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:245888:262758:-1 // chr1 // 46 // 79 // 12 // 26 // 0 /// GENSCAN00000032209 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:5588:115834:1 // chr1 // 46 // 79 // 12 // 26 // 0 /// GENSCAN00000017571 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1176023:1181269:-1 // chr1 // 46 // 39 // 6 // 13 // 0 /// NM_001099458 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 4 (Vom2r4), mRNA. // chr1 // 17 // 88 // 5 // 29 // 1 /// ENSRNOT00000051591 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 34 // 88 // 10 // 29 // 1 /// ENSRNOT00000044609 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 4 gene:ENSRNOG00000030558 // chr1 // 17 // 88 // 5 // 29 // 1 /// ENSRNOT00000051321 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:678964:680435:1 gene:ENSRNOG00000042157 // chr1 // 24 // 88 // 7 // 29 // 1 /// ENSRNOT00000044187 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8884:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 30 // 70 // 7 // 23 // 1 main
10701674 NM_001099460, NM_001099461, NM_001099458 chr1:1636457-1642396 chr1 NC_005100.2 + 1636457 1642396 53 NM_001099460 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000043841 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046586 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046586 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046586 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 NM_001099460 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 3 (Vom2r3), mRNA. // chr1 // 62 // 55 // 18 // 29 // 0 /// NM_001099461 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 1 (Vom2r1), mRNA. // chr1 // 41 // 55 // 12 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 62 // 55 // 18 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000043841 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 62 // 55 // 18 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000041455 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 1 gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 41 // 55 // 12 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000046586 // ENSEMBL // 97 kDa protein gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 41 // 55 // 12 // 29 // 0 /// ENSRNOT00000062058 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1636159:1642167:1 gene:ENSRNOG00000033826 // chr1 // 100 // 87 // 46 // 46 // 0 /// ENSRNOT00000002766 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1503580:1505189:1 gene:ENSRNOG00000023682 // chr1 // 100 // 49 // 26 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000050328 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1498164:1500699:1 gene:ENSRNOG00000034286 // chr1 // 100 // 17 // 9 // 9 // 0 /// GENSCAN00000017561 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:1635460:1641473:1 // chr1 // 100 // 55 // 29 // 29 // 0 /// NM_001099458 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 4 (Vom2r4), mRNA. // chr1 // 20 // 92 // 10 // 49 // 1 /// ENSRNOT00000051591 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 34 // 55 // 10 // 29 // 1 /// ENSRNOT00000044609 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 4 gene:ENSRNOG00000030558 // chr1 // 20 // 92 // 10 // 49 // 1 /// ENSRNOT00000051321 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:678964:680435:1 gene:ENSRNOG00000042157 // chr1 // 24 // 55 // 7 // 29 // 1 main
10701679 NM_001013063, BC079076 chr1:1693915-1760654 chr1 NC_005100.2 + 1693915 1760654 38 NM_001013063 // Raet1l // retinoic acid early transcript 1L // 1p13 // 292461 /// ENSRNOT00000062027 // Raet1l // retinoic acid early transcript 1L // 1p13 // 292461 /// BC079076 // Raet1l // retinoic acid early transcript 1L // 1p13 // 292461 /// ENSRNOT00000062042 // RGD1563859 // similar to Retinoic acid early inducible protein 1 gamma precursor (RAE-1gamma) // 1p13 // 292455 /// ENSRNOT00000028992 // Raet1d // retinoic acid early transcript delta // 1p13 // 502217 /// ENSRNOT00000048138 // Raet1e // retinoic acid early transcript 1E // 1p13 // 292450 /// ENSRNOT00000062040 // Raet1c // retinoic acid early transcript gamma // 1p13 // 292458 /// ENSRNOT00000062029 // LOC679977 // similar to retinoic acid early transcript 1L // 1p13 // 679977 NM_001013063 // RefSeq // Rattus norvegicus retinoic acid early transcript 1L (Raet1l), mRNA. // chr1 // 62 // 97 // 23 // 37 // 0 /// ENSRNOT00000062027 // ENSEMBL // Retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000040300 // chr1 // 62 // 97 // 23 // 37 // 0 /// BC079076 // GenBank // Rattus norvegicus retinoic acid early transcript 1L, mRNA (cDNA clone MGC:94032 IMAGE:7122284), complete cds. // chr1 // 62 // 97 // 23 // 37 // 0 /// ENSRNOT00000062042 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000023656 // chr1 // 100 // 97 // 37 // 37 // 0 /// ENSRNOT00000028992 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000023659 // chr1 // 78 // 97 // 29 // 37 // 0 /// ENSRNOT00000048138 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000033113 // chr1 // 78 // 97 // 29 // 37 // 0 /// ENSRNOT00000062040 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000040309 // chr1 // 45 // 82 // 14 // 31 // 0 /// ENSRNOT00000062029 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000040302 // chr1 // 84 // 97 // 31 // 37 // 0 /// ENSRNOT00000028966 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000040308 // chr1 // 83 // 79 // 25 // 30 // 0 main
10701684 chr1:1694318-1696500 chr1 NC_005100.2 + 1694318 1696500 31 ENSRNOT00000043555 // LOC679873 // similar to retinoic acid early transcript 1L // 1p13 // 679873 ENSRNOT00000043555 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000030474 // chr1 // 100 // 100 // 31 // 31 // 0 /// ENSRNOT00000062032 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:2122032:2124230:-1 gene:ENSRNOG00000040304 // chr1 // 96 // 77 // 23 // 24 // 0 /// ENSRNOT00000062030 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1314038:1316239:1 gene:ENSRNOG00000042852 // chr1 // 88 // 77 // 21 // 24 // 0 /// ENSRNOT00000042737 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:1400863:1403043:-1 gene:ENSRNOG00000042351 // chr1 // 64 // 81 // 16 // 25 // 0 /// ENSRNOT00000062033 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:2034051:2061123:-1 gene:ENSRNOG00000040305 // chr1 // 39 // 58 // 7 // 18 // 1 main
10701689 chr1:1962595-1962716 chr1 NC_005100.2 + 1962595 1962716 39 --- ENSRNOT00000053783 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1962595:1962716:1 gene:ENSRNOG00000035660 // chr1 // 100 // 100 // 39 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000054134 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:214779511:214779632:1 gene:ENSRNOG00000036011 // chr1 // 67 // 100 // 26 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000052706 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:8:12116592:12116713:1 gene:ENSRNOG00000034583 // chr1 // 67 // 100 // 26 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000052842 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1418266:1418387:1 gene:ENSRNOG00000034719 // chr1 // 56 // 100 // 22 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000053906 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:8:88763471:88763592:-1 gene:ENSRNOG00000035783 // chr1 // 46 // 100 // 18 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000054101 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1324482:1324599:-1 gene:ENSRNOG00000035978 // chr1 // 50 // 82 // 16 // 32 // 0 main
10701691 chr1:2005520-2089510 chr1 NC_005100.2 + 2005520 2089510 11 --- ENSRNOT00000029038 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:2005661:2008852:1 gene:ENSRNOG00000023667 // chr1 // 100 // 55 // 6 // 6 // 0 main
10701697 chr1:2190201-2192462 chr1 NC_005100.2 + 2190201 2192462 9 --- ENSRNOT00000028945 // ENSEMBL // cdna:pseudogene chromosome:RGSC3.4:1:2190207:2192462:1 gene:ENSRNOG00000023653 // chr1 // 100 // 100 // 9 // 9 // 0 main
10701699 NM_001106217 chr1:2255393-2284326 chr1 NC_005100.2 + 2255393 2284326 26 NM_001106217 // Lrp11 // low density lipoprotein receptor-related protein 11 // 1p13 // 292462 /// ENSRNOT00000019181 // Lrp11 // low density lipoprotein receptor-related protein 11 // 1p13 // 292462 NM_001106217 // RefSeq // Rattus norvegicus low density lipoprotein receptor-related protein 11 (Lrp11), mRNA. // chr1 // 100 // 85 // 22 // 22 // 0 /// ENSRNOT00000019181 // ENSEMBL // low density lipoprotein receptor-related protein 11 gene:ENSRNOG00000014303 // chr1 // 100 // 77 // 20 // 20 // 0 main
10701709 NM_001134543 chr1:2375247-2382793 chr1 NC_005100.2 + 2375247 2382793 28 NM_001134543 // Lats1 // LATS, large tumor suppressor, homolog 1 (Drosophila) // 1p13 // 308265 /// ENSRNOT00000020098 // Lats1 // LATS, large tumor suppressor, homolog 1 (Drosophila) // 1p13 // 308265 NM_001134543 // RefSeq // Rattus norvegicus similar to LATS homolog 1 (RGD1564085), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 28 // 28 // 0 /// ENSRNOT00000020098 // ENSEMBL // hypothetical protein LOC308265 gene:ENSRNOG00000014916 // chr1 // 100 // 100 // 28 // 28 // 0 main
10701714 chr1:2393294-2394240 chr1 NC_005100.2 + 2393294 2394240 25 --- ENSRNOT00000033768 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:2393294:2394240:1 gene:ENSRNOG00000028381 // chr1 // 100 // 96 // 24 // 24 // 0 main

Total number of rows: 29214

Table truncated, full table size 18220 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary data files not provided

| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap