NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL13147 Query DataSets for GPL13147
Status Public on Feb 09, 2011
Title [MOUSEDIVm520650] Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution commercial
Organism Mus musculus
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol see manufacturer's web site
 
Description Affymetrix submissions are typically submitted to GEO using the GEOarchive method described at http://0-www-ncbi-nlm-nih-gov.brum.beds.ac.uk/projects/geo/info/geo_affy.html

Below table was obtained after merging the corresponding CN or SNP annot.csv files provided by Affymetrix:


MOUSEDIVm520650.cn.na32.annot.csv
#%create_date=2011-09-20 GMT-08:00 14:37:53
#%chip_type=MOUSEDIVm520650
#%genome-species=Mus musculus
#%genome-version=mm9
#%genome-version-ucsc=mm9
#%genome-version-ncbi=37
#%genome-version-create_date=2007-07-00
#%dbSNP_date=2010-09-23
#%dbSNP_version=132
#%netaffx-annotation-date=2011-06-22
#%netaffx-annotation-netaffx-build=32


MOUSEDIVm520650.na32.annot.csv
#%create_date=2011-10-24 GMT-08:00 16:10:34
#%chip_type=MOUSEDIVm520650
#%genome-species=Mus musculus
#%genome-version=mm9
#%genome-version-ucsc=mm9
#%genome-version-ncbi=37
#%genome-version-create_date=2007-07-00
#%dbSNP_date=2010-09-23
#%dbSNP_version=132
#%netaffx-annotation-date=2011-06-22
#%netaffx-annotation-netaffx-build=32
 
Web link http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=Mouse_Diversity_Array
http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx
Submission date Feb 09, 2011
Last update date Jan 25, 2012
Organization Affymetrix, Inc.
E-mail(s) geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affymetrix.com
Phone 888-362-2447
URL http://www.affymetrix.com/index.affx
Street address
City Santa Clara
State/province CA
ZIP/Postal code 95051
Country USA
 
Samples (395) GSM685813, GSM685814, GSM685815, GSM685816, GSM685817, GSM685818 
Series (21)
GSE27691 Affymetrix SNP array data for mammary tumors that recurred after inactivation of the oncogenic PIK3CA-H1047R
GSE35219 Synergy between PI3K Signaling and MYC in Burkitt Lymphomagenesis
GSE35873 Affymetrix SNP array data for breast cancer formation in mouse

Data table header descriptions
ID Affymetrix Probe Set ID
Chromosome Chromosome
Strand The strand (of the reference genome) where the CN or SNP probe set maps.
Cytoband The chromosome band seen on Giemsa-stained chromosomes. Value is the band number where the CN or SNP probe set maps.
Associated Gene Values are a list of genes which the CN/SNP probe is associated to (separated by ///).
Fragment Enzyme Type Length Start Stop
Chromosome Start Start position
Chromosome Stop Stop position
dbSNP RS ID SNP identifier from dbSNP
Physical Position 1-based SNP chromosomal position.
Allele A
Allele B
Genetic Map

Data table
ID Chromosome Strand Cytoband Associated Gene Fragment Enzyme Type Length Start Stop Chromosome Start Chromosome Stop dbSNP RS ID Physical Position Allele A Allele B Genetic Map
Exon0145125-5 11 - qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000126757 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 447 // 116793922 // 116794368 /// NspI // --- // 2344 // 116792375 // 116794718 116839497 116839521
Exon0145125-4 11 + qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000126757 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 447 // 116793922 // 116794368 /// NspI // --- // 2344 // 116792375 // 116794718 116839497 116839521
Exon0145125-3 11 - qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000126757 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 447 // 116793922 // 116794368 /// NspI // --- // 2344 // 116792375 // 116794718 116839436 116839460
Exon0145125-2 11 + qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000126757 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 447 // 116793922 // 116794368 /// NspI // --- // 2344 // 116792375 // 116794718 116839436 116839460
Exon0145125-1 11 - qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000126757 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 447 // 116793922 // 116794368 /// NspI // --- // 2344 // 116792375 // 116794718 116839377 116839401
Exon0145125-0 11 + qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000126757 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 447 // 116793922 // 116794368 /// NspI // --- // 2344 // 116792375 // 116794718 116839377 116839401
Exon0145121-5 11 - qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000139905 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 1219 // 116784346 // 116785564 /// NspI // --- // 3435 // 116781283 // 116784717 116829808 116829832
Exon0145121-4 11 + qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000139905 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 1219 // 116784346 // 116785564 /// NspI // --- // 3435 // 116781283 // 116784717 116829808 116829832
Exon0145121-3 11 - qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000139905 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 1219 // 116784346 // 116785564 /// NspI // --- // 3435 // 116781283 // 116784717 116829752 116829776
Exon0145121-2 11 + qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000139905 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 1219 // 116784346 // 116785564 /// NspI // --- // 3435 // 116781283 // 116784717 116829752 116829776
Exon0145121-1 11 - qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000139905 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 1219 // 116784346 // 116785564 /// NspI // --- // 3435 // 116781283 // 116784717 116829699 116829723
Exon0145121-0 11 + qE2 NM_172948 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000139905 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000136584 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000103027 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B /// ENSMUST00000054088 // CDS // 0 // Mm.35141 // Mgat5b // 268510 // mannoside acetylglucosaminyltransferase 5, isoenzyme B StyI // --- // 1219 // 116784346 // 116785564 /// NspI // --- // 3435 // 116781283 // 116784717 116829699 116829723
Exon0145139-5 11 - qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 775 // 116964508 // 116965282 /// NspI // --- // 1518 // 116963402 // 116964919 117009911 117009935
Exon0145139-4 11 + qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 775 // 116964508 // 116965282 /// NspI // --- // 1518 // 116963402 // 116964919 117009911 117009935
Exon0145139-3 11 - qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 775 // 116964508 // 116965282 /// NspI // --- // 1518 // 116963402 // 116964919 117009879 117009903
Exon0145139-2 11 + qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 775 // 116964508 // 116965282 /// NspI // --- // 1518 // 116963402 // 116964919 117009879 117009903
Exon0145139-1 11 - qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 775 // 116964508 // 116965282 /// NspI // --- // 1518 // 116963402 // 116964919 117009849 117009873
Exon0145139-0 11 + qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 775 // 116964508 // 116965282 /// NspI // --- // 1518 // 116963402 // 116964919 117009849 117009873
Exon0145137-5 11 - qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 2261 // 116959335 // 116961595 /// NspI // --- // 1363 // 116959967 // 116961329 117006247 117006271
Exon0145137-4 11 + qE2 NM_028777 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166507 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// NM_001166506 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000127090 // exon // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENSMUST00000021177 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000103026 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) /// ENSMUST00000090433 // CDS // 0 // Mm.478824 // Sec14l1 // 74136 // SEC14-like 1 (S. cerevisiae) StyI // --- // 2261 // 116959335 // 116961595 /// NspI // --- // 1363 // 116959967 // 116961329 117006247 117006271

Total number of rows: 2458697

Table truncated, full table size 1250076 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary data files not provided
| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap