NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL16209 Query DataSets for GPL16209
Status Public on Jun 17, 2013
Title Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array [CDF: HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution custom-commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol See manufacturer's website.
 
Description Probe set data extracted from custom CDF [HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs]

#%chip_type=HuEx-1_0-st-v2
#%lib_set_name=HuEx-1_0-st
#%lib_set_version=v2

#%genome-species=Homo sapiens
#%genome-version=hg19
#%genome-version-ucsc=hg19
#%genome-version-ncbi=GRCh37
#%genome-version-create_date=2009-02-00

#%netaffx-annotation-date=2010-07-15
#%netaffx-annotation-netaffx-build=31
#%netaffx-annotation-tabular-format-version=1.11
#%netaffx-annotation-data-type=probe_set
 
Web link http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=huexon-st
http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx
Submission date Oct 23, 2012
Last update date Jun 17, 2013
Contact name Sergio E Baranzini
E-mail(s) sebaran@cgl.ucsf.edu
Organization name University of California San Francisco
Department Neurology
Street address 675 Nelson Rising Lane, Room S-215
City San Francisco
State/province CA
ZIP/Postal code 94158-2306
Country USA
 
Samples (815) GSM1025555, GSM1025556, GSM1025557, GSM1025558, GSM1025559, GSM1025560 
Series (5)
GSE41846 longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [IFN_discovery dataset]
GSE41847 longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [IFN_replication dataset]
GSE41848 longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [MS vs Ctrl Discovery dataset]
Relations
Alternative to GPL5175 (Alternative CDF [official])

Data table header descriptions
ID Unique identifier for the transcript cluster
seqname Chromosome number
RANGE_GB RefSeq accession.version of chromosome (NCBI Build 37)
RANGE_STRAND Strand (+|-) relative to RANGE_GB
RANGE_START Start coordinate relative to RANGE_GB
RANGE_STOP Stop coordinate relative to RANGE_GB#total_probes = Total number of probes contained by this transcript cluster
probe_count
transcript_cluster_id
exon_id
psr_id
gene_assignment Gene information for each assigned mRNA for mRNAs that corresponds to known genes
mrna_assignment Description of the public mRNAs that should be detected by the sets within this transcript cluster based on sequence alignment

Data table
ID seqname RANGE_GB RANGE_STRAND RANGE_START RANGE_STOP probe_count transcript_cluster_id exon_id psr_id gene_assignment mrna_assignment
2315101 chr1 NC_000001.10 + 11925 12167 4 2315100 1 1 NR_024005 // DDX11L2 /// NR_024004 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024004 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// AK093685 // chr1 // 75 // 3 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315102 chr1 NC_000001.10 + 12657 12692 4 2315100 2 2 NR_024004 // DDX11L2 /// NR_024005 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 NR_024004 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// AK093685 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315104 chr1 NC_000001.10 + 13366 13888 4 2315100 4 4 NR_024004 // DDX11L2 /// NR_024005 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 NR_024004 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// AK093685 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315105 chr1 NC_000001.10 + 14150 14368 4 2315100 4 5 NR_024004 // DDX11L2 /// NR_024005 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 NR_024004 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// AK093685 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315107 chr1 NC_000001.10 + 14768 15057 4 2315106 5 6 --- DQ786314 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0
2315112 chr1 NC_000001.10 + 25147 25217 4 2315111 8 9 XM_002344625 // LOC100292727 XM_002344625 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315114 chr1 NC_000001.10 + 27566 27779 4 2315113 9 10 --- DQ786265 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315116 chr1 NC_000001.10 + 28439 28661 4 2315115 10 11 --- ENST00000422679 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315118 chr1 NC_000001.10 + 30623 30666 4 2315117 11 12 --- ENST00000422679 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315120 chr1 NC_000001.10 + 35703 35793 4 2315119 12 13 --- GENSCAN00000033255 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315126 chr1 NC_000001.10 + 51955 51993 4 2315125 15 16 --- GENSCAN00000032383 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315132 chr1 NC_000001.10 + 62929 62959 4 2315129 20 21 --- GENSCAN00000044510 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315138 chr1 NC_000001.10 + 69135 69278 4 2315125 22 25 NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 NM_001005240 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000442916 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315140 chr1 NC_000001.10 + 69315 69510 4 2315125 22 26 NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 NM_001005240 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000442916 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315142 chr1 NC_000001.10 + 69578 69784 4 2315125 22 27 NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 NM_001005240 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000442916 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315144 chr1 NC_000001.10 + 69982 70008 3 2315125 22 28 NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 NM_001005240 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0
2315146 chr1 NC_000001.10 + 115848 115991 4 2315145 26 29 --- BC028185 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315148 chr1 NC_000001.10 + 131179 131210 4 2315147 27 30 XM_002344252 // LOC100288667 ENST00000432723 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000457191 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// XM_002344252 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000014787 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035092 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000032381 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000018274 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000016975 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000048645 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0
2315149 chr1 NC_000001.10 + 131645 131733 4 2315147 28 31 XM_002344252 // LOC100288667 ENST00000432723 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000440782 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000457191 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// XM_002344252 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035092 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000032381 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000018274 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000002200 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000016975 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000048645 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000014787 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0
2315150 chr1 NC_000001.10 + 131752 131845 4 2315147 28 32 XM_002344252 // LOC100288667 ENST00000432723 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000440782 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000457191 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000447359 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 /// ENST00000406017 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 /// XM_002344252 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035092 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000032381 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000018274 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000002200 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000016975 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000048645 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000014787 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035200 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0

Total number of rows: 1432143

Table truncated, full table size 272823 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary file Size Download File type/resource
GPL16209_HuEx-1_0-st-v2.na31.AFFX_README.NetAffx-CSV-Files.txt 38.4 Kb (ftp)(http) TXT
GPL16209_HuEx-1_0-st-v2.na31.hg19.probeset.csv.gz 39.4 Mb (ftp)(http) CSV
GPL16209_HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs.cdf.gz 6.4 Mb (ftp)(http) CDF
GPL16209_HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs.cdf.txt.gz 7.3 Mb (ftp)(http) TXT

| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap