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Platform GPL18412 Query DataSets for GPL18412
Status Public on Aug 12, 2014
Title [HuGene-1_0-st] Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array [custom CDF: hugene10stv1_74_030.cdf]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution custom-commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol see manufacturer's web site
 
Description Probe set data extracted from custom CDF:
hugene10stv1_74_030.cdf

For transcript probe set definition a custom CDF package was used, that was based on a complete re-alignment of the Exon microarray oligo-probes and annotation to Ensembl version 74.
 
Submission date Mar 12, 2014
Last update date Aug 15, 2014
Contact name Johannes Rainer
E-mail(s) johannes.rainer@eurac.edu
Organization name Eurac Researc
Department Institute for Biomedicine
Lab Biomedical Informatics
Street address Via A. Volta 21
City Bolzano
ZIP/Postal code 39100
Country Italy
 
Samples (33) GSM1347860, GSM1347861, GSM1347862, GSM1347863, GSM1347864, GSM1347865 
Series (4)
GSE55876 The synthetic glucocorticoids prednisolone and dexamethasone regulate the same genes in acute lymphoblastic leukemia cells
GSE55877 The synthetic glucocorticoids prednisolone and dexamethasone regulate the same genes in acute lymphoblastic leukemia cells [Set 2]
GSE55878 The synthetic glucocorticoids prednisolone and dexamethasone regulate the same genes in acute lymphoblastic leukemia cells
Relations
Alternative to GPL6244 (Alternative CDF [official])

Data table header descriptions
ID probeset_id
transcript_id
gene_id
probe_count
probes
transcript_biotype
ORF
entrezgene Entrez Gene Database UID
gene_name
gene_biotype
chromosome_name
chromosome_strand
SPOT_ID

Data table
ID transcript_id gene_id probe_count probes transcript_biotype ORF entrezgene gene_name gene_biotype chromosome_name chromosome_strand SPOT_ID
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74ENST00000369997 ENST00000369997;ENST00000597521 ENSG00000102032;ENSG00000269198 29 1000071;296047;419149;664080;838679;370241;1037952;570904;530588;461634;1043493;900867;972904;702961;483059;927940;1057322;903319;1017797;422224;533533;443476;112645;193953;794150;477675;528267;382970;697688 protein_coding;protein_coding RENBP 5973 RENBP protein_coding X;HG1497_PATCH -1 ENST00000369997
74ENST00000475904 ENST00000475904;ENST00000597381 ENSG00000102032;ENSG00000269198 9 1000071;296047;838679;1037952;1043493;1017797;664080;826203;934731 retained_intron;retained_intron RENBP 5973 RENBP protein_coding X;HG1497_PATCH -1 ENST00000475904
74ENST00000464227 ENST00000464227;ENST00000601820 ENSG00000102032;ENSG00000269198 9 1000071;296047;838679;1043493;664080;422224;826203;934731;382970 retained_intron;retained_intron RENBP 5973 RENBP protein_coding X;HG1497_PATCH -1 ENST00000464227
74ENST00000412763 ENST00000412763;ENST00000600627 ENSG00000102032;ENSG00000269198 28 1000071;419149;296047;664080;838679;1037952;570904;530588;1043493;900867;826203;934731;927940;1057322;903319;422224;533533;443476;112645;193953;794150;477675;461634;528267;972904;382970;697688;1017797 protein_coding;protein_coding RENBP 5973 RENBP protein_coding X;HG1497_PATCH -1 ENST00000412763
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74ENST00000477804 ENST00000477804 ENSG00000136535 7 1000082;980385;616553;1052311;222268;344534;255115 processed_transcript TBR1 10716 TBR1 protein_coding 2 1 ENST00000477804
74ENST00000440144 ENST00000440144;ENST00000453225 ENSG00000010270 16 1000089;341099;778728;1075013;294204;1034483;1064606;1071115;753614;97956;321956;110641;360914;378229;1051476;794277 protein_coding;protein_coding STARD3NL 83930 STARD3NL protein_coding 7 1 ENST00000440144
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Total number of rows: 125709

Table truncated, full table size 30488 Kbytes.




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