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GEO help: Mouse over screen elements for information.
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Platform GPL20023 Query DataSets for GPL20023
Status Public on Apr 01, 2016
Title [MoGene-1_0-st] Affymetrix Mouse Gene 1.0 ST Array [CDF: mogene10stv1_75_030]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution custom-commercial
Organism Mus musculus
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol See manufacturer's web site
 
Description This Platform is identical to GPL6246 but a custom cdf environment was used to extract data.
The custom CDF and annotation file (transcript level probe sets, Ensembl 75 based) are linked below as a supplementary file.
 
Submission date Apr 13, 2015
Last update date Apr 03, 2016
Contact name Johannes Rainer
E-mail(s) johannes.rainer@eurac.edu
Organization name Eurac Researc
Department Institute for Biomedicine
Lab Biomedical Informatics
Street address Via A. Volta 21
City Bolzano
ZIP/Postal code 39100
Country Italy
 
Samples (12) GSM1656365, GSM1656366, GSM1656367, GSM1656368, GSM1656369, GSM1656370 
Series (1)
GSE67803 Aberrant calcium influx causes fiber type shift and mitochondrial loss in skeletal muscle
Relations
Alternative to GPL6246 (Alternative CDF [official])

Data table header descriptions
ID probeset_id
transcript_id
gene_id
probe_count
probes
transcript_biotype
ORF
entrezgene Entrez Gene Database UID
gene_name
gene_biotype
chromosome_name
chromosome_strand
SPOT_ID

Data table
ID transcript_id gene_id probe_count probes transcript_biotype ORF entrezgene gene_name gene_biotype chromosome_name chromosome_strand SPOT_ID
75ENSMUST00000143034 ENSMUST00000143034 ENSMUSG00000043384 9 1000018;955262;435805;124077;287527;869419;246215;951622;950560 processed_transcript Gprasp1 67298 Gprasp1 protein_coding X 1 ENSMUST00000143034
75ENSMUST00000113144 ENSMUST00000113144 ENSMUSG00000043384 20 1000018;955262;852562;435805;124077;287527;592490;624935;869419;246215;951622;950560;853918;365337;736801;917481;837219;769198;1050897;191994 protein_coding Gprasp1 67298 Gprasp1 protein_coding X 1 ENSMUST00000113144
75ENSMUST00000072940 ENSMUST00000072940 ENSMUSG00000061969 18 1000025;1098680;1099730;852414;426179;920013;918963;365315;364265;629894;16608;148374;370186;655379;674952;134584;229573;540018 protein_coding Gm5581 protein_coding 6 -1 ENSMUST00000072940
75ENSMUST00000027863 ENSMUST00000027863 ENSMUSG00000026576 28 1000049;958601;534544;331832;62283;144858;675867;1082080;704945;738025;387334;71189;1055413;317709;650524;609270;9043;179401;171154;353997;1066805;902052;732920;568898;133539;886777;200105;284937 protein_coding Atp1b1 11931 Atp1b1 protein_coding 1 -1 ENSMUST00000027863
75ENSMUST00000052174 ENSMUST00000052174 ENSMUSG00000045625 26 1000051;33634;74235;13551;192614;1039509;415498;209760;352658;774613;786563;354463;673489;602794;382225;83566;44605;879803;547863;102031;369825;953159;973527;710023;495779;493392 protein_coding Pigz 239827 Pigz protein_coding 16 1 ENSMUST00000052174
75ENSMUST00000151412 ENSMUST00000151412 ENSMUSG00000045625 18 1000051;33634;74235;774613;786563;354463;13551;673489;192614;382225;1039509;415498;209760;352658;602794;83566;44605;879803 processed_transcript Pigz 239827 Pigz protein_coding 16 1 ENSMUST00000151412
75ENSMUST00000171330 ENSMUST00000171330 ENSMUSG00000015314 26 1000096;119245;118195;117145;612766;710164;1037821;928000;208906;428202;128083;194246;608103;415451;895070;489739;835209;724687;539823;937222;602518;958042;299353;958039;701913;18034 protein_coding Slamf6 30925 Slamf6 protein_coding 1 1 ENSMUST00000171330
75ENSMUST00000134412 ENSMUST00000134412 ENSMUSG00000074884 7 1000115;436955;723324;130734;316898;212214;175693 retained_intron Serf2 378702 Serf2 protein_coding 2 1 ENSMUST00000134412
75ENSMUST00000139253 ENSMUST00000139253 ENSMUSG00000074884 11 1000115;436955;723324;130734;316898;212214;175693;292876;788556;656436;828146 protein_coding Serf2 378702 Serf2 protein_coding 2 1 ENSMUST00000139253
75ENSMUST00000031787 ENSMUST00000031787 ENSMUSG00000005503 24 1000140;1090730;605345;257535;676557;742982;37365;860467;1040598;889425;22139;390434;618573;225240;290870;231721;52982;393376;478810;427807;736551;133510;947793;243723 protein_coding Evx1 14028 Evx1 protein_coding 6 1 ENSMUST00000031787
75ENSMUST00000129243 ENSMUST00000129243 ENSMUSG00000005503 11 1000140;676557;605345;860467;742982;37365;1040598;390434;618573;225240;290870 protein_coding Evx1 14028 Evx1 protein_coding 6 1 ENSMUST00000129243
75ENSMUST00000131150 ENSMUST00000131150 ENSMUSG00000068122 6 1000175;282793;484399;45499;5897;881058 processed_transcript Agtr2 11609 Agtr2 protein_coding X 1 ENSMUST00000131150
75ENSMUST00000089188 ENSMUST00000089188 ENSMUSG00000068122 25 1000175;282793;484399;45499;5897;881058;1051470;893369;947808;263573;597294;614426;450294;508395;241737;1065458;214883;23938;123887;817328;716807;770761;43522;229802;817875 protein_coding Agtr2 11609 Agtr2 protein_coding X 1 ENSMUST00000089188
75ENSMUST00000108810 ENSMUST00000108810 ENSMUSG00000020455 29 1000177;162542;423515;828737;800878;499603;995577;457008;577720;206042;380842;863241;604826;185192;98146;270854;505801;52792;559187;682888;562710;134518;5886;1012496;17994;1003764;371291;793315;672512 protein_coding Trim11 94091 Trim11 protein_coding 11 1 ENSMUST00000108810
75ENSMUST00000172246 ENSMUST00000172246 ENSMUSG00000020964 8 1000212;844862;83626;424193;866519;28107;128159;72718 retained_intron Sel1l 20338 Sel1l protein_coding 12 -1 ENSMUST00000172246
75ENSMUST00000169843 ENSMUST00000169843 ENSMUSG00000020964 6 1000212;844862;83626;866519;28107;72718 retained_intron Sel1l 20338 Sel1l protein_coding 12 -1 ENSMUST00000169843
75ENSMUST00000160854 ENSMUST00000160854 ENSMUSG00000056870 30 100021;537237;98971;652644;883709;159979;973137;330851;1004027;1070407;509322;36500;194940;492775;1076363;860795;346620;191744;724295;895436;148417;792857;416658;1050100;1003305;873071;374224;519402;564879;406698 protein_coding Gulp1 70676 Gulp1 protein_coding 1 1 ENSMUST00000160854
75ENSMUST00000162600 ENSMUST00000162600 ENSMUSG00000056870 30 100021;537237;98971;652644;883709;159979;973137;330851;1004027;1070407;509322;36500;194940;492775;269584;1076363;860795;346620;191744;724295;895436;148417;792857;416658;1050100;1003305;487082;873071;763347;1021648 protein_coding Gulp1 70676 Gulp1 protein_coding 1 1 ENSMUST00000162600
75ENSMUST00000161793 ENSMUST00000161793 ENSMUSG00000056870 13 100021;537237;98971;652644;883709;330851;1004027;194940;1076363;191744;374224;416658;873071 processed_transcript Gulp1 70676 Gulp1 protein_coding 1 1 ENSMUST00000161793
75ENSMUST00000159555 ENSMUST00000159555 ENSMUSG00000056870 28 100021;537237;98971;973137;159979;330851;1004027;1070407;509322;36500;492775;269584;1076363;860795;346620;191744;724295;895436;148417;792857;416658;1050100;1003305;487082;873071;374224;763347;1021648 nonsense_mediated_decay Gulp1 70676 Gulp1 protein_coding 1 1 ENSMUST00000159555

Total number of rows: 67519

Table truncated, full table size 18396 Kbytes.




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