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dbSNP

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Submitted SNP(ss) Details: ss35286370           
Submitter
HandleSSAHASNP
Submitter SNP IDTA-079.chrM_10551
RefSNP(rs#)rs28358280
Submitted Batch IDTA-079
Submitted DateMar 11, 2005
Publication Cited[1] SSAHA: A Fast Search Method for Large DNA Databases
First entry to dbSNPMar 11 2005 12:00:00:000AM
Assay
SpeciesHomo sapiens
Molecular
Type
Genomic
MethodTA-079
Ascertainment Samplesize122
PopulationN.D.
Allele
Observed AlleleA/G
Ancestral AlleleN.D.
Allele OriginN/A
SNP ClassSNV
CpG CodeN.D.
Validation
Validation StatusNot Validated
HWE Goodness of Fitnot applicable
Variation
Frequency SubmissionN.D.
Genotype SummaryN.D.
Genotype SubmissionN.D.
HaplotypeN.D.
Comment
sequence position qualityS1C_2-732c21.q1k 394 56912S3-629l24.p1k 237 51S1C_2-82m18.q1k 167 4513S07_2-262e23.p1k -368 43S6C_2-572a21.q1k 359 41912S-504m02.q1k 352 42912S3-1114c08.q1k 109 40XSNP49605-450o01.q1k 280 5622S732-131f21.q1k 530 5622S732-20d24.p1k 831 27912S3-1089d01.q1k 376 35S6C_2-470n07.p1k 216 33912S-252d04.q1k 359 42S1C_2-340g14.p1k -344 4222S732-438f08.q1k 791 3213S07_2-283o20.q1k 402 51UI-E-CL0-abx-c-02-0-UI.r1 213 3520SNP44340-1310g01.q1c 324 56S1C_2-747b07.q1k 105 3913S07_2-408o10.q1k 588 51912S-493o24.p1k 639 56XSNP49605-439e10.q1k 573 5120SNP44340-2595b10.q1c 189 4022S732-353h02.q1k 790 40912S-777e24.q1k 84 3513S07_2-327a17.q1k 346 56912S-421h03.q1k 881 2822S732-150k12.q1k 644 40912S-1479c07.p1k -62 4013S07_2-11b14.q1k 641 3220SNP44340-1430b12.q1c 264 40912S-1133n18.q1k -255 36S1C_2-594j24.q1k 614 56912S-5l07.q1k 916 23912S-326h17.q1k 547 3413S07_2-107k19.q1k 652 56912S3-699p12.q1k 237 42912S-1370n13.q1k 364 51912S-784g21.q1k -340 45XSNP49605-585p06.q1k 438 3522S732-88g08.q1k 171 43912S-272k14.p1k 673 5113S07_2-32j10.q1k 630 2413S07_2-240p06.q1k 695 51912S3-677j06.p1k -354 37912S-1556o11.q1k 269 51912S-830n23.q1k 181 4313S07_2-500l10.q1k 156 40S6C_2-582j08.q1k -357 43S1C_2-914b12.q1k -442 4013S07_2-277p07.q1k 242 5613S07_2-244n02.q1k 734 56UI-E-DX0-agq-g-22-0-UI.r1 216 2913S07_2-429i02.q1k 478 42912S-1634e21.q1k -446 43XSNP49605-19h22.q1k 453 46912S-1331h24.q1k 580 51S6C_2-503e19.q1k 745 32912S3-1084l15.q1k 604 42912S-1501m04.q1k 203 4313S07_2-160f23.q1k 581 5620SNP44340-677a07.q1c 74 33912S-1370m05.p1k -359 4520SNP44340-950f03.p1c -318 45912S-1331m07.q1k 578 56912S-514p24.q1k 807 29912S-1290h01.q1k 629 56XSNP49605-183n11.q1k 166 3513S07_2-272b08.q1k 727 27912S3-1049k05.q1k 616 42XSNP49605-559f08.q1k 156 45912S-1333p08.q1k -149 45S1C_2-483l09.q1k -378 42912S-141m20.q1k 345 56S6C_2-469l11.p1k -255 40912S3-543o21.q1k 761 42S1C_2-683g04.q1k 866 24XSNP50242-206c10.q1k 104 37UI-E-EO0-aia-c-22-0-UI.r1 129 39S6C_2-13h09.q1k 595 5622S732-66e04.q1k 167 40912S-1329l08.p1k -380 32912S3-1013o05.q1k 307 56S1C_2-682a07.q1k 813 4013S07_2-485b17.q1k -272 4520SNP44340-801d08.q1c 207 45S1C_2-181g10.q1k 349 5620SNP44340-2102h02.q1c 187 35912S-809k16.q1k 116 40S1C_2-552o18.q1k -440 3013S07_2-329g04.q1k 484 3520SNP44340-1279c03.p1c -66 33S6C_2-226n02.q1k 305 41912S3-230b21.q1k 583 56912S-792o07.p1k -97 37912S-1116o10.q1k 353 30912S-1502g22.p1k -130 40912S-363c18.q1k -457 40XSNP49605-558o11.q1k 361 56UI-E-DX0-ags-d-19-0-UI.r1 154 45S6C_2-230e11.q1k 737 56S1C_2-283k19.q1k 535 51S1C_2-881h01.q1k 253 43912S-658i06.q1k 121 4022S732-154h08.q1k 529 56XSNP50242-323h04.q1k 535 42XSNP49605-449o06.p1k -352 42S1C_2-712j07.q1k -456 32912S-908i12.q1k 90 42S1C_2-902l08.q1k -106 40912S-1132e12.q1k 141 40S6C_3-102d14.q1k 76 45912S3-849p07.q1k 356 56912S-926h20.q1k 671 5622S732-335l11.q1k 507 5620SNP44340-152g10.q1c 365 37S1C_2-981k07.q1k 620 25912S-1091f13.q1k -445 38912S-439i16.q1k 378 56S1C_2-645i12.p1k 563 4413S07_2-456j15.q1k 672 32

  Fasta sequence   (Legend) back to top
>gnl|dbSNP|ss35286370|allelePos=201|len=401|taxid=9606|alleles='A/G'|mol=Genomic
 CTAGCCCTAA GTCTGGCCTA TGAGTGACTA CAAAAAGGAT TAGACTGAGC CGAATTGGTA
 TATAGTTTAA ACAAAACGAA TGATTTCGAC TCATTAAATT ATGATAATCA TATTTACCAA
 ATGCCCCTCA TTTACATAAA TATTATACTA GCATTTACCA TCTCACTTCT AGGAATACTA
 GTATATCGCT CACACCTCAT
 R
 TCCTCCCTAC TATGCCTAGA AGGAATAATA CTATCGCTGT TCATTATAGC TACTCTCATA
 ACCCTCAACA CCCACTCCCT CTTAGCCAAT ATTGTGCCTA TTGCCATACT AGTCTTTGCC
 GCCTGCGAAG CAGCGGTGGG CCTAGCCCTA CTAGTCTCAA TCTCCAACAC ATATGGCCTA
 GACTACGTAC ATAACCTAAA

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