Construction of long-transcript enriched cDNA libraries from submicrogram amounts of total RNAs by a universal PCR amplification method

Genome Res. 2001 Sep;11(9):1553-8. doi: 10.1101/gr.185501.

Abstract

Here we report a novel design of linker primer that allows one to differentially amplify long tracts (average 3.0 kb with size ranges of 1-7 kb) or short DNAs (average 1.5 kb with size ranges of 0.5-3 kb) from a complex mixture. The method allows one to generate cDNA libraries enriched for long transcripts without size selection of insert DNAs. One representative library from newborn kidney includes 70% of clones bearing ATG start codons. A comparable library has been generated from 20 mouse blastocysts, containing only approximately 40 ng of total RNA. This universal PCR amplification scheme can provide a route to isolate very large cDNAs, even if they are expressed at very low levels.

MeSH terms

  • Animals
  • DNA, Complementary / genetics*
  • Gene Amplification
  • Gene Library*
  • Mice
  • Mice, Inbred C57BL
  • Molecular Sequence Data
  • Polymerase Chain Reaction / methods*
  • RNA / analysis*
  • RNA / genetics*

Substances

  • DNA, Complementary
  • RNA

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